医学系是在通辽市卫生学校基础上组建起来的教学系，至今已有50多年的发展历史。现有教职工72人，双师素质型教师38人，是一支注重素质教育与实践技能，注重改革与创新的高效精干、积极进取、踔厉奋发、勇毅前行的师资队伍。
医学系现有口腔医学、蒙医学两个临床医学国控专业以及康复治疗技术、医学影像技术、口腔医学技术、眼视光技术四个医学技术专业，共6大专业，在校生达1700余人。拥有通辽职业学院附属医院、通辽职业学院附属口腔医院两所附属医院，是学生学习成长的校内平台。